Se usas Mac, tens um "plugin" para o iTunes que te saca as capas dos albuns. Chama-se Fetch Art.
Acho que não há para PC (posso tar enganado, não fui ver)
Mesmo assim, não demoras muito a meter as capas nos ficheiros através do iTunes. Basta seleccionar todas musicas de uma album e arrastar a dita capa para o campo respectivo.